Câu chuyện diễn ra ở dòng thời gian khác với kết thúc của loạt anime Steins;Gate. Sau khi nỗ lực cứu Makise Kurisu để ngăn chặn chiến tranh trong tương lai nhờ cỗ máy thời gian thất bại, Okabe Rintaro, bị ám ảnh bởi trải nghiệm thay đổi quá khứ bằng khả năng Reading Steiner của mình, quyết định ở lại dòng thời gian Beta nơi Kurisu chết. Sau nhiều tháng, Rintaro gặp Hiyajo Maho, đồng nghiệp cũ của Kurisu đang làm việc với Amadeus, một trí tuệ nhân tạo được xây dựng từ ký ức của Kurisu trước khi cô chết. Khi Rintaro quyết định giúp đỡ quá trình phát triển Amadeus, cậu nhận ra trải nghiệm với các dòng thời gian khác nhau của mình vẫn chưa kết thúc.[2]